Færgehavnen er en af endestationerne på Alslinjen, der sejler under Molslinjens navn og forbinder Als med Fyn og Jylland. Den anden ende er Fynshav på Als. Linjen tager mod biler, motorcykler, knallerter, cykler og gående, og der er kørestolsegnet indgang, parkering og toilet.
Billetter kan bestilles og ændres online, og Molslinjens app kan bruges til booking. Med nummerpladebetaling kan man køre om bord uden forudbestilling. Man skal normalt være ved færgen 15 minutter før afgang. Handicapparkering ligger tæt på elevatoren til passagerdækket, og hjælp til gående kan bestilles pr. telefon mindst 48 timer før.